随着我国有关房地产市场法律法规的逐步完善，房地产开发建设行为逐渐得到了规范，市场秩序明显好转。但与此同时，另一个问题却日益严重：部分已建成的商品房因开发建设手续不全而不能进行初始登记，直接导致购买了此类商品房的群众无法进行产权登记，领取房产证，形成遗留问题。
    一、商品房产权遗留问题的特点
    1、存在范围广。商品房产权遗留问题在各地区都不同程度的存在着。特别是一些乡镇，由于管理体制、部门分工、开发商素质等原因，这一问题显得较为突出。许多开发单位都不同程度的存在着缺少商品房开发建设手续的问题。
    2、时间跨度长。商品房产权遗留问题是伴随着商品房开发行为的发生而产生的，大多可以追溯到改革开放初期，其存在的时间跨度有的在20年左右。
    3、形式多样化。计划方面，缺少立项手续；用地方面，有的未将集体、划拨土地变更为出让土地；规划方面，有的符合城市总体规划，但未办理规划许可证；有的根本不符合规划，属违章建筑；竣工验收方面，有的工程被验收为合格，但未领取质量合格证；有的未进行竣工验收，房屋是否安全是未知数。还有的开发单位不具有资质和营业执照，有的缺少开发项目手册，等等。
    二、产生商品房产权遗留问题的原因
    1、开发商不能完全依法经营，自律性差。作为投资开发建设商品房的主体，开发商有义务办理开发建设的各种手续，帮助购房人进行产权过户。但是受利益的驱使，部分开发商往往只从自身降低建设成本、最大限度地提高利润额的角度出发，应办的手续不办。工程项目未经立项、违法占地、无视规划、不进行竣工验收等现象比较严重。
    2、城镇改造过程中管理工作不到位。由于各种原因，城镇改造通常具有范围广、面积大、参建单位多的特点。大量商品房同时开工，计划、建设、土地等主管部门很难将各项工作均做准做细，只是进行一种粗放型管理。由于城镇改造工作持续的时间较长，因此这种粗放型的管理方式造成的商品房产权遗留问题比较多。
    3、相关部门执法不严。对于已建成、但手续不全的商品房，土地、规划、建设、质检等部门有时不能及时予以查处，致使该补办的手续未能及时补办，该拆除的违章建筑未能按期拆除。出现这一问题，从客观上讲，有开发单位拒办、拖办等方面的原因。从主观上讲，也有房地产建设行政主管部门执法不严的责任。
    4、最为普遍的是开发建设使用的土地性质为集体土地。
    (1)集体土地开发住宅楼违规销售现象。在形式上，有关住宅楼的建设均采用了与购房者签订“委托建房协议”的方式，其主要内容亦明确了村委会享有土地所有权，购房者享有土地使用权和房屋所有权。所建成的住宅楼已经工程质量验收，并领取了建筑管理部门颁发的质量合格证书。凡已付清房款的购房者，村委会均按协议约定为其办理了“村镇房屋所有权证”。应该说，从建设系统内关于集体土地建造住宅的规定来看，这些住宅楼建造手续较为齐全，约定也较为明确，但仍是回避了现行土地管理法中关于集体土地不得用于商品房建设、使用权一般不得流转的规定，故出现了一定纠纷，并存在着相当隐患。现有矛盾主要发生于非本村农户购房者与建造方因购房款、房屋质量等问题或上述购房者与第三方因房屋转让、出租问题发生纠纷诉诸法院时，因所谓“委托建房协议”规避法律强制性规定应为无效，双方权益均无法得到保护，还易于引发集团诉讼，从而无形中将对既有社会经济秩序带来冲击，造成社会财富的极大浪费。不仅如此，1998年8月我国在修订《土地管理法》时将“允许城镇非农业户口居民建住宅使用集体土地”的规定加以删除，从而在立法意旨上，城市及外村、外乡居民已被禁止成为集体土地上住宅的合法所有权人。因此，建造于集体土地上的住宅楼如遇国家土地征用，依现行规定“土地补偿费归农村集体经济组织所有；地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有”，作为非本地农户的购房者本无权购买该类房屋，显然更不具备受补偿主体的法律地位，其购房成本及预期收益得不到法律的保护，必将引发更大社会矛盾与群体性纠纷。
    (2)基层政府违法开发集体土地现象。由于现行法律对集体土地开发的主体、程序及补偿等问题未作出明确规定，尚处于空白阶段，导致集体土地利用工作管理混乱、开发成本低廉而获利甚大，部分基层政府出于招商引资、增加财政收入或树立政绩等各种不同目的，纷纷把视线投向该领域，其中不乏以小城镇建设为由，公然越权征用，以半强迫手段收缴农民集体所有土地，转手出让开发的明显违法现象。
    三、商品房产权遗留问题的负面影响
    1、严重损害了购房人的合法权益。住房是人们最基本的生活保障，我国的宪法和有关法律规定，国家保护公民的房屋所有权。房屋权属证书是产权人对房屋行使占有、使用、支配和收益权利的唯一合法证明，其他任何资料都不具有法律赋予的这种权威性。另外，根据户籍管理的改革办法，居民购买一定数额的商品房就可以解决城镇户口，如果没有房产证，购房群众就无法办理落户手续。
    2、严重影响了房地产经济的发展。在发达国家，居民更换住房比较频繁。随着我国国民经济的发展和人们生活水平的提高，国家全面放开了住房二级市场，鼓励人们将住房以小换大，以旧换新。但是由于产权遗留问题，限制了相当数量的二手房交易。综合来看，商品房产权遗留问题，已经成了潜在购买力向现实购买力转化的一道障碍，严重限制了住房二级市场的发展。
    3、严重影响了建筑市场秩序。对于缺少各种手续的商品房，如果有关部门不进行严厉追究，不但会影响建设行政主管部门的权威，而且会形成依法经营者获利少，违章经营者获利多的不正常观象。为了找到平衡，依法经营者也会逐渐置法律法规的规定于不顾，走上违章经营的道路，对市场秩序造成更大的破坏。
    4、严重影响了社会的稳定。随着群众维护自己合法权益意识的提高，购房群众要求办房产证的呼声越来越高，为此甚至出观了集体上访事件。
    四、建议对商品房产权遗留问题的具体处理方法。
    1、对2000年以来开发的商品房，按照国务院关于整顿和规范建筑市场的要求处理，凡是相关手续不齐的，必须补办。
    2、对1999年年底以前开发的商品房，尽可能简化手续，给予确权。具体要求：
    (1)缺少计划手续的。鉴于商品房已经建成，再补办开工立项手续已失去了实际意义，因此，在商品房确权时，对于缺少计划手续的不再要求开发单位补办，一律视为符合计划。
    (2)缺少用地手续的。由土地部门对未办理用地手续的商品房进行清查。对于土地可以批准使用的，出具合法用地证明，房管部门暂将用地证明作为确权依据，待开发商取得土地使用证后，再将土地使用证复印存档。
    (3)缺少规划手续的。凡是符合规划的，由规划部门发给规划许可证，作为房管部门进行商品房确权的依据。凡是不符合规划的，由规划部门限期拆除，但要考虑对购房人进行适当安置。对于违章建筑，房管部门要严格把关，不予确权。
    (4)缺少竣工验收资料的。凡房屋可以安全使用的，由工程质量监督部门出具质量合格或房屋结构安全的鉴定证明，作为房管部门办理商品房确权手续的依据。质量不合格或被鉴定为危房的，由质检部门限期拆除，但要考虑对购房人进行适当安置。对于结构不安全的商品房，房管部门要严格把关，不予确权。
    (5)对于缺少《商品房销售管理办法》规定的办理登记手续所需的其他登记证件的，不再要求补办。
    五、当前集体土地房地产开发纠纷中的司法对策
    我国作为成文法国家，在现行集体土地管理制度未发生根本转变之前，司法审判并不能完全突破既有规范的约束，但为积极应对今后集体土地管理制度可能发生的重大转变，维护人民群众应有权益，现阶段在涉及集体土地房地产开发的司法纠纷中建议可从以下几个方面着手应对：
    1、关于集体土地使用权转让合同的效力。集体经济组织单独或与他人合作，在已经县级以上政府批准为建设用地的集体土地上建成厂房、仓库、办公楼、商业铺位等建筑物出租的，考虑到其出租的主要是地上建筑物，集体土地使用权仍属于集体经济组织，并未发生实质性的流转；且从社会实践看，这种做法对于发展农村经济发挥了重要作用，政府主管部门对这种做法亦不作为违法行为进行查处，因此，在处理这类案件时，如果当事人不具有其他违法行为，不宜将这种行为认定无效。但若集体经济组织将集体土地上建成的建筑物出售，由于集体土地使用权已发生实质性的流转，故应认定合同无效。
    1999年1月1日(新土地管理法施行日期)以前，农村村民将经依法取得的宅基地使用权连同房屋转让给本村村民，回乡落户的干部、职工、退伍军人以及华侨、港澳台同胞的；1999年1月1日以后，农村村民将经依法取得的宅基地使用权连同房屋转让给本村村民的，由于新旧土地管理法对此均未禁止，只是规定在其出卖、出租住房后再申请宅基地的，不予批准，故可认定该合同有效。
    当事人将经依法批准为建设用地的集体土地出让、转让、出租的，虽然不具有上述合同有效的情形，但经县级以上人民政府土地主管部门批准的，由于在民事诉讼中，法院仅能对该类具体行政行为进行主体资格审查而非合法性审查，因此，只要经政府或其主管部门在规定的权限范围内批准集体土地流转的，法院亦可认定有效。
    当事人将集体土地出让、转让、出租用于非农业建设，如不具有上述可认定合同有效的情形，且事后也没有补办相关手续的，一般应认定合同无效。
    2、集体土地所建房屋买卖纠纷诉讼主体资格的认定。购买者属农村居民的，按政策不宜限制其所属辖区范围；属城市非农业户口居民的，现阶段可考虑适用《土地管理法实施条例》第26条的规定予以认可，或责令其补办相关手续。“联建协议”一方为街道、村委会成立的房地产开发公司，相对方以街道、村委会为被告提起诉讼，可视其在“征地”、开发、办理产权等手续中所承担责任范围，结合公司法人人格否认理论，酌情责令其承担相应民事责任。房地产公司一方资产不足以承担相应责任时，亦可追加该街道、村委会为共同被告。
    3、集体土地所建房屋二次转让合同的处理。因实践中该类房屋出售时一般均载明属集体土地房屋，不得转让，故对其二次转让、转租过程中所产生的法律纠纷，相关开发组织不应承担关联责任。在相关案件的审理中，可参照合同效力的有关规定审理，同时应根据二次购买者、承租者是否出于善意而对其所承担责任予以区分处理。